巫溪縣中學校前身為“四川省巫溪縣立初級中學”。1940年4月，為解決本縣學生“因額見遺”和“無力遠道求學”之困境，奉節(jié)、巫山、巫溪三縣聯(lián)合設立初級中學于巫溪。校址訂于縣城南門灣麟山腳下，廣場后方，校名訂為“四川省巫溪縣立初級中學”，8月招生，9月行課。

巫溪縣中學校在馬鎮(zhèn)壩新縣城已建成鎮(zhèn)泉校區(qū)，并以投入使用。新校區(qū)共耗資2.6億左右。兩校區(qū)（本部在趙家壩）共同教學，新校區(qū)辦學初一到高二5個年級，老校區(qū)辦學高三。